La Red Natura 2000 en el ámbito de este Espacio Natural Protegido

Este Lugar, de 51.167 ha de superficie distribuida entre 29 municipios, tiene una estructura morfológica asociada a cuatro cursos fluviales: los ríos Tajo y Tajuña, en la totalidad de sus recorridos por la Comunidad de Madrid, y los tramos del Jarama y Manzanares aguas abajo de San Fernando de Henares y Madrid respectivamente. Esta circunstancia también hace que el índice de ocupación de ríos en el LIC sea relativamente alto, 4,33 m/ha.

Básicamente el LIC se configura con dos ZEPA que le aportan casi 43.000 ha, el 84% de su territorio. La ZEPA de los Carrizales y Sotos de Aranjuez, de 14.972 ha de superficie (casi el 30% del LIC), que abarca el curso del río Tajo a su paso por Aranjuez y las vegas y laderas asociadas a su margen izquierdo, y la ZEPA de los Cortados y Cantiles de los ríos Jarama y Manzanares que, con una superficie de 27.961 ha (el 54% del territorio del Lugar), incluye los páramos, cuestas, vegas y cantiles asociados a estos dos ríos. A su vez, esta última coincide prácticamente con el Parque Regional del Sureste que, con sus 31.550 ha de superficie, aporta el 62% del territorio del LIC.

Con el Parque Regional del Sureste, el LIC incluye otros espacios y enclaves naturales que también se encuentran protegidos, como la Reserva Natural de El Regajal-Mar de Ontígola, de gran interés por los ambientes que incorpora al Lugar: palustres, el humedal de Ontígola, y salinos así como una de las mejores representaciones del coscojar en la Comunidad de Madrid, el Regajal. Junto a esta Reserva Natural, también reconocida mundialmente por su importancia entomológica, en especial por su riqueza en mariposas, la Laguna de San Juan, igualmente protegida con la figura de Refugio de Fauna, aporta interés por las poblaciones de aves asociadas a ella.